برخی منتقدین طرح خرید تضمینی گندم معتقدند کیفیت گندم های خریداری شده پایین است؛ چرا که خرید از کشاورزان در مراکز خرید تضمینی بدون بررسی کیفیت محصول انجام می شود و همین امر عاملی در کاهش کیفیت و برخی سوءاستفاده های احتمالی برای ایجاد اختلاط و ناخالصی های گندم شده است.